Powermarker3.0软件使用方法
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POWERMARKER3.0软件使用方法

这个软件据说有新版本,但是点击链接无法打开,也找不到下载的网址。目前的办法是将电脑?#20302;?#26102;间调整为2015年及以前,可以正常运?#23567;?/span>

1.软件下载和安装。V3.0版本的可以在很多地方下载到,直接百?#20154;?#32034;POWERMARKER3.0就可以,?#37096;?#20197;联系小编,发送给您。(小提示:软件放在D盘即可,不要安装到C盘?#20302;?#30424;哦)

2.运行环境。软件正常运行需要安装.net运行环?#24120;?#23433;装包里一般都是?#28304;?#30340;dotnet.exe应用程序,点击安装运行环境就?#32654;病?/span>

3.数据输入格式。如图所示,第一?#26657;?#21517;称ID#,这一列的每一行表示样本编号,后面每一列是各位点的基因型,用“/”隔开,表示成二倍体的输入?#38382;健5任?#22522;因表示方法比较灵活,只要是可以表示出不同?#20219;?#22522;因即可,如ABCD,ATCG,Insert,Deletion都是可以识别的,缺失用“?/?”表示。注意事项:a)表格里最好是不要有其他的sheet工作簿;b)标记名称不可重复,必须保证唯一;c)每个位点每个样本的基因型,必须保证是二倍体?#38382;劍?#24182;且是/隔开,否则软件会报错。不过这个软件有一点好处是他会提示错误出现在具体的哪一?#24515;?#19968;?#23567;?/span>

 

3.运行软件。如图所示,选择.exe的应用程序文件,双击即可运?#23567;#?#36816;?#26143;埃?#35831;将?#20302;?#26102;间调整为2015年1月1?#25214;?#21069;)

正确打开后是这样的界面。

 

4.数据导入。建立新的dataset,在页面选择dataset,点击之后会出现一个对话框。

小编认为从text格式文件导入经常容易出错,所以建议从excel复制?#31243;?#29256;clipboard导入数据。各?#38382;?#35774;置如下图所示。并且要先打开数据存储的excel表格,点击复制所有数据。

 

?#38382;?#36873;择完毕后,点击Next,弹出下图界面。将第一列的ID#设置为categorical,并在Hierarchy选择Level-1设置为ID#。

 

这一步设置好的如下图。

 

点击next

这一步?#38382;?#19981;需要设置。点击next。

数据导入成功如图所示。

点击finish。

数据导入成功。这时,导入数据存储在dataset里。

5.多样性分析。点击Analysis菜单中的summary—>summary statistics。

注意事:dataset需要选?#26657;琽pen computed tables in Excel需要选中才会直?#25317;?#20986;到一个excel表格中。

需要计算的都选择好之后,点击submit,

结果如图所示:

 

Excel中的结果显示如图所示:

 

小结:POWERMARKER3.0主要是用于统计主?#20219;?#22522;因?#24503;省?#22522;因型数目、?#20219;?#22522;因数目、基因多样性、杂合度观测值和多态性信息含量(PIC)。其他还有很多功能如计算单倍型?#24503;省?#32676;体结构分析、哈温平衡检测、两两间位点LD、多位点LD、构建UPGMA/NJ进化树、单位点关联分析等等功能。在此不再详述。

 


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