CLUMPP2.0软件使用方法
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CLUMPP2.0软件使用方法

这个软件是可以将STRUCTURE运行得到的对应K值的多次重复结果进行合并,下载网址https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/clumpp.html,无需安装。下载解?#39038;?#20043;后,包括1个CLUMPP.exe应用程序,1个indfile的示例文件,1个?#38382;?#35774;置文件paramfile。

 

1.数据输入格式。数据格式如下图所示,这个文件可以由STRUCTURE软件的结果文件中得到,材料序号、材料编号、缺失标记基因型数目和材料对应每一个cluster的Q值都可以在STRUCTURE软件对应K值的结果文件中?#19994;劍?#21482;需要在excel中进行调整一下,插入冒号之前的那一列2就可以了。并且不同的重复之间的Q矩阵需要隔开一?#23567;?#26684;式整理好之后,可以复制?#31243;?#21040;txt文档?#26657;?#24182;?#21307;?#21518;?#22909;?#25913;为indfile。

注意事项:材料编号(第二?#26657;?#26368;好是纯数字,不要有字母,否则软件无法运?#26657;?#22914;果格式?#32423;裕?#20294;还是无法运?#26657;?#35831;核对?#38382;?#25991;件的文件名和保存数据的indfile文件名是否一致,材料数、群体数和重复数是否都正确;排除前两个原因之后,如果仍然无法运?#26657;?#24212;该还是数据中有错误,这时可以从windowsà运行àcmdà打开DOS命令行à在DOS?#20302;?#20013;用命令?#24615;?#34892;CLUMPP.exe应用程序,这时,会提示出错原因。

 

 

2.?#38382;?#25991;件设置。Paramfile文件可以使用记事本打开。

需要根据自己数据修改的地方如下图所示。

 

 

3.软件运?#23567;ndfile和paramfile?#30002;?#22791;好之后,可以直?#25317;?#20987;CLUMPP.exe运?#26657;部?#20197;根据前面所说,从DOS命令行启动CLUMPP.exe软件。运行结束后会在软件文件夹生成多个文件。如下图所示,会生成后缀分别为miscfile、outfile和datafile的文件。我们所需要的Q矩阵保存在outfile中。根据TASSEL格式要求整理就可以了。


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