中/高通量SNP基因分型服务
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SNP(单核苷酸多态性)基因分型服务

SNP介绍

SNP全称Single Nucleotide Polymorphism,即单核苷酸多态性,是指在基因组上单个核苷酸的变异,包括转换,颠换,插入和缺失,形成的遗传标记,其数量很多,多态性丰富,有些SNP位点直接影响基因功能,从而导致生物性状改变。

SNP是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究和疾病相关基因的研究。

上海翼和生物SNP分型服务:

根据具体实验规模,提供两种检测?#25945;ǎ?#20998;别为:适合中低通量检测的PCR-LDR SNP分型服务和适合高通量的基于二代测序的Hi-SNP分型服务。

 

PCR-LDR SNP分型服务

PCR-LDR技术是PCR技术和LDR(Ligase Detection Reaction,连?#29992;?#26816;测反应)想结合的检测技术。

LDR是利用高温连?#29992;?#23454;现对基因多态性位点的识别。高温连?#29992;?#19968;旦检测到DNA与互补的?#25945;?#23521;聚核苷酸接头对应处存在着基因点突变类型的碱基错配,则连接反应就不能进?#26657;?#21453;之则可以进行连接反应。

技术路线:

 

 

 

 

翼和特色

内容

PCR-LDR SNP分型

十余年LDR分型经验,适用性广,适用于任何多态性位点

可进行多重反应(可同时进行20SNP位点的检测),经济,高效

实验灵活,检出率高,实验周期短

基于杂交反应和连接反应,双重保证,结果准确

?#32454;?#23454;验流程?#22763;?#20197;及10%重复对照设置,保证结果准确性

适合中低SNP分型规模,30SNP位点以内,样本量千个以内推荐使用

检出率>95%

准确率>98%

 

 

该检测技术适?#32454;?#31867;中低通量的SNP检测规模,如QTL定位研究路线、候选基因或位点关联分析、分子育?#20540;取?span lang=EN-US>

Hi-SNP分型服务

Hi-SNP结合多重PCR技术和高通量测序技术,对需要检测的位点设计特异性引物,在单管内进行多重PCR扩增,不同的样本以不同的Barcode引物区分。混合样本后,在Ion Proton/illumina 主流测序?#25945;?#19978;,对扩增子进行高通量测序。测序结果使用生物信息学方法,区分不同的样本,最终获得每个位点的SNP信息。高通量测序能一次对几百万条DNA分子进行序列测定,相比其他的SNP检测技术,基于高通量测序的SNP分型具有更准确、更灵敏的特点。

技术路线:

 

 

翼和特色

内容

HI-SNP分型

翼和自主知识产权超高重PCR捕获技术,技术先进,结果可靠

通量高,SNP位点30-500个之间,数百数千样本推荐使用

平均测序深度100X,每个SNP位点测序深度至少15X

适用性广,适用于任何多态性位点

SNP位点以及周围序列进行测序,更灵敏,跟准确

检出率>95%

准确率>98%

 

本方法适用于很多的遗传学研究领域,例如疾病基因组研究、肿瘤基因组研究、疾病与基因的关联研究、临床分子诊断研究等,在植物基因组研究?#26657;?#21487;用于QTL定位及分子育种,非常适合大规模样品的SNP分析。

 

?#31361;?#37096;分论文发表

1.Li J, Huang S, Dai H R, et al. A promoter polymorphism rs2075824 within IMPA2 gene affecting the transcription activity: possible relationship with schizophrenia.[J]. Journal of Cellular & Molecular Medicine, 2016.

2.Chen K, Zhou Y X, Li K, et al. A novel three-round multiplex PCR for SNP genotyping with next generation sequencing[J]. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2016, 408(16):1-7.

3.Chen Z J, Zhao H, He L, et al. Genome-wide association study identifies susceptibility loci for polycystic ovary syndrome on chromosome 2p16.3, 2p21 and 9q33.3.[J]. Nature Genetics, 2011, 43(1):55-59.

4.Shi Y, Li Z, Xu Q, et al. Common variants on 8p12 and 1q24.2 confer risk of schizophrenia.[J]. Nature Genetics, 2011, 43(12):1224-7.

 

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