PCR-LDR试剂盒定制
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STR/SSR 基因分型服务

STR短串联重复序?#26657;殖?#20026;微卫星标记或 SSR。一般有 2-6bp 的核心序列串联重复而成,构成了 STR 基因座的遗传多态性。STR/SSR 具有分布广泛均匀、多态性丰富、遵循孟德尔共显性遗传、信息量大、检测简便等优点,STR/SSR分型高效快捷,结果准确,是非常重要的遗传标记,在遗传制图、连锁性分析、亲子鉴定、疾病基因定位和物种多态性研究等领域有着广泛的应用

技术原理

上海翼和生物可对有参考基因组序列的物种进行已知 STR/SSR 位点的分型检测。本公司根据已知 STR/SSR 位点及其侧翼序列设计荧光修饰的 PCR 引物, 并利用本公司特有的多重 PCR 引物分析?#20302;?#36827;行分析,设计多重荧光 PCR 扩增方案。方案确定之后,在 个孔中一次性扩增出所有位点的目标片段,并在ABI3730XL 测序仪上进行毛细管电泳,根据电泳峰?#32423;?#21462;样本的 STR/SSR 基因分型。

 

多重荧光 PCR 引物扩增原理

技术路线

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翼和特色

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样本要求

?  10 个位点以内,要求 DNA 样本浓度>20ng/ul 以上,体积>15ul

?  OD260/2801.8-2.0

?  每增加 10 个位点,DNA 体积增加 5ul

数据分析内容

?  STR/SSR 分型结果

?  多重 PCR 琼脂糖凝胶电泳结果

?  高级分析:遗传多样性分析、群体结构分析

项目流程

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应用方向

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常见问题:

1.是否提供跑板服务?

答:翼和提供跑板服务,对?#25945;?#20379;荧光引物扩增产物即可

2.?#31361;?#35201;做样本遗传多态性分析,是选择 SNP 好,还是 STR 好?

答:STR 拥有庞大?#20219;?#22522;因数,而 SNP 只有两个?#20219;?#22522;因,位点的遗传多态性STR 更加丰富。STR 的信息量比 SNP 信息量大,在进行种间样本来源判断是,较少的 STR 位点即可完成 DNA 指纹图谱的构建一般所需 SNP 的位点数是 STR3-4)。但是 SNP 的二?#20219;?#24615;可估计任何人群中其?#20219;?#22522;因?#24503;剩?#19988; SNP 分?#30002;?#24191;?#28023;?可以建立高密度的遗传图谱。SNP 相对于 STR 扩增更有效,利于遗传分析。SNP 可能会直接影响产物蛋白质的结构或基因表达水平,它们本身可能就是疾病遗传机制的候选改变位点 。

从整体研究?#32959;?#26469;说,目前 SNP 作为分子位标的地位越来越高,尤其在人的研究?#26657;?#30446;前 STR 在农口的研究仍具有一定需求。

案例示范:

1.中国棉花 SSR 标记遗传多样性分析

本研究以中国 3 大棉区 8 个棉花主产省份 32 份棉花主栽?#20998;?#36827;行遗传多样性分析。作者选择在染色体上分布均匀,且多态性高,稳定性好的 36SSR 位点作为分析。36 个位点在 32 份棉花材料中扩增出 142 种多态性,每个 SSR 位点有2-11 种不等基因型。因此最少采用 5SSR 进行基因分型,即可将 32 个棉花?#20998;?#23436;全区分。

采用多 SSR 位点组合适用于构建中国棉花主栽?#20998;?DNA 指纹图谱,?#20998;?#38388;的亲缘关系和地理来源有一定的相关性。

文献来源:匡猛, 杨伟华, 许红霞,等. 中国棉花主栽?#20998;?DNA 指纹图谱构建及SSR 标记遗传多样性分析[J]. 中国农业科学, 2011, 44(1):20-27.


2.中国西?#31995;?#21306;?#36866;?#20027;要育种亲本的遗传 多样性及群体结构分析

为了探究中国西?#31995;?#21306;主要?#36866;?#32946;种亲本材料的遗传多态性和群体结构,为?#36866;?#20146;本材料的保存和利用、?#36866;?#20998;子标记辅助选择提供参?#23478;?#25454;,本研究选择61SSR 分子标记,13 个农艺性状和 6 个?#20998;市?#29366;,对 82 份中国西?#31995;?#21306;主要?#36866;?#32946;种亲本材料进行遗传多态性分析。

61SSR 位点在 82 份材料?#26657;?#27599;个位点有 1-17 种不等基因型。亲本材料基因组水平的遗传多样性较为丰富,但是?#20998;市?#29366;和农艺性状分辨率较小,因此结合分子标记,能够进行深入的遗传多样性和群体结构分析。

文献来源:罗凯, 卢会翔, 吴正丹,等. 中国西?#31995;?#21306;?#36866;?#20027;要育种亲本的遗传多样性及群体结构分析[J]. 中国农业科学, 2016, 49(3):593-608.


上海翼和应用生物技术有限公司

 

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