微卫星不稳定性检测
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微卫星不稳定性检测

微卫星(microsatellites)

微卫星(microsatellites)是遍布于人类基因组中的短串联重复序?#23567;?#19982;正常组织相比,肿瘤组织的微卫星由于复制错误(replication error, RER)引起的简单重复序列的增加或丢失而导致微卫星长度的改变,就叫做微卫星不稳定性(Microsatellite InstabilityMSI)

在正常组织?#26657;?span lang=EN-US>DNA复制错误可被错配修复机制校正;在肿瘤组织?#26657;?#38169;配修复(MMR)基因发生突变,无法修复复制错误以致MSI产生,故MSI与肿瘤的发生密切相关。目前MSI作为肿瘤遗传不稳定一个敏感的检测指标已逐渐被大家接受,并且临床上已将MSI作为结?#32972;?#30284;预后和制定辅助治?#21697;?#26696;的重要分子标志物。由于MSI的存在,正常组织与肿瘤组织的微卫星在长度上形成差异,可以利用毛细管电泳鉴定。

 

技术方法:

      利用微卫星位点基因分型进行MSI检测,针对微卫星位点设计荧光引物,荧光PCR引物对多个微卫星多态位点进行扩增,然后通过毛细管电泳对多态性扩增片段进行分离,通过荧光检测?#20302;常?#22914;ABI测序仪)确定扩增片断的长度,实现对微卫星多态位点的分型。

与正常组织相比较,若肿瘤组织微卫星?#20219;?#22522;因条带增多和大小发生改变则记为微卫星不稳定。这是由于DNA复制期间修复错配的基因超家族产生了突变,导致容易发生链滑,简单重复DNA核苷酸在复制过程中产生了细小序列改变。使用荧光PCR引物的方法来检测MI非常方便和快捷,结果也能直观准确的检测到。

 

检测流程:

 

 

样本要求:

肿瘤组织样本(石蜡切片/石蜡卷/新鲜组织/肿瘤组织gDNA)

正常组织样本(EDTA抗凝血/保存于血卡的血痕/口腔拭子/癌旁组织gDNA)

DNA浓度:≥10ng/ul

服务内容:

       候选区域的STR位点的设计、合成和优化
     
  STR分型实验。
     
  STR分型结果判读。
     
  正常组织和肿瘤组织的比较发现微卫星不平衡的存在和区域

 

结果分析:

MSI稳定性(microsatellite stableMMS):微卫星位点没有发生变化

MSI低频型(low-frequency MSIMSI-L)?#28023;?span lang=EN-US>40%的微卫星位点发生变化

MSI高频型(high-frequency MSIMSI-H):≥40%的微卫星位点发生变化

 

结?#32972;?#30284;(Colorectal Cancer, CRC)发生的遗传因素包括染色体不稳定性(Chromosome Instability, CIN)和微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, MSI)。其中大约15-20%CRC则主要是由MSI引起,包括遗传性非息肉病性结?#32972;?#30284;(Hereditary Nonpolyposis Colorectal Cancer, HNPCC,?#27542;?span lang=EN-US>Lynch综合征)(错配修复基因胚?#20302;?#21464;)和散发性MSI+CRC(错配修复基因MLH1基因启动子甲基化)。

结果判?#31890;?span lang=EN-US>

荧光引物PCR主要是检测DNA5个微卫星位点的MSI状态。同时提取同一个体的正常组织和肿瘤组织样本DNA,采用荧光PCR的方法对检测位点进行扩增;使用基因分析仪通过毛细管电泳对扩增产物进行检测,并利用软件进行结果分析。

 

 

MSI分级标准

MSI

不稳定标记的比例

阳性标记数

MSI-H

 40%

 2/5

MSI-L

< 40%

1/5

MSS

0%

0/5

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